Auf Lörracher Gemarkung gibt es verschiedene Schutzgebietstypen

Die FFH-Richtlinie (Fauna=Tierwelt, Flora=Pflanzenwelt, Habitat=Lebensraum) ist zusammen mit der Vogelschutzrichtlinie die zentrale Rechtsgrundlage für den Naturschutz in der Europäischen Union. Das Hauptziel der FFH-Richtlinie ist die Förderung der Erhaltung der biologischen Vielfalt.
Die FFH-Gebiete und die Vogelschutzgebiete bilden zusammen das europäische Schutzgebietsnetz  Natura 2000. Innerhalb dieser Gebiete sind bestimmte, europaweit bedeutsame natürliche Lebensräume sowie wild lebende Tiere und Pflanzen geschützt.
Auf Lörracher Gemarkung gibt es zwei FFH-Gebiete:
  • Tüllinger Berg
  • Dinkelberg und Röttler Wald (Homburger Wald, Waldflächen auf Hauinger Gemarkung, eine Fledermauskolonie in der Hauinger Grundschule sowie Bereiche/Höhlen um das Röttler Schloss)
 
Für das FFH-Gebiet „Tüllinger Berg und Tongrube Rümmingen“ wurde ein Managementplan erstellt, der als Grundlage für die Erhaltung wertvoller Lebensräume und Arten dient. Darin wurden Maßnahmen festgesetzt, die erforderlich sind, um die natürlichen Lebensräume und die Populationen wild lebender Tier- und Pflanzenarten in einem günstigen Erhaltungszustand zu erhalten oder diesen wieder herzustellen.

Für das FFH-Gebiet „Dinkelberg“ und Röttler Wald wird derzeit seitens des Landes Baden-Württemberg ein Managementplan aufgestellt
Durch die Vogelschutzrichtlinie der EU sind grundsätzlich alle im europäischen Gebiet wildlebenden Vogelarten geschützt. Für seltene und vom Aussterben bedrohte Arten oder Vogelarten, die gegen bestimmte Veränderungen ihrer Lebensräume empfindlich sind, sind Vogelschutzgebiete ausgewiesen. In solchen Gebieten dürfen die dort lebenden Vogelarten nicht erheblich beeinträchtigt werden, vor allem müssen Störungen während der Brutzeit vermieden werden.
 
Das Vogelschutzgebiet „Tüllinger Berg und Gleusen“ ist ornithologisch von überregionaler Bedeutung, weil hier das größte zusammenhängende Zaunammer-Vorkommen Südbadens ist. Außerdem kommen verschiedene Vogelarten vor, die struktur- und altholzreiche Obstwiesen oder alt- und totholzreiche Wälder als Lebensraum benötigen, wie beispielsweise Schwarzmilan, Baumfalke, Neuntöter und verschiedene Spechtarten.

Tüllinger Berg

Vom Tüllinger Berg hat man einen schönen Ausblick auf das Dreiländereck sowie die umliegenden Städte Lörrach, Weil am Rhein und Basel. Das Landschaftsbild des Tüllingers wird geprägt durch seine sehr vielfältige und kleinteilige Nutzungsstruktur. Die Bergkuppe ist bewaldet, am nordöstlichen Rand des Tüllingers gibt es größere Ackerflächen, ansonsten ist ein kleinräumig wechselndes Mosaik aus Grünlandflächen, Streuobstwiesen, Feldgehölzen und Kleingärten vorhanden. Nach Süden hin gibt es größere Rebflächen.

Schloß Rötteln und Umgebung

Die Schutzgebietsverordnung „Schloß Rötteln und Umgebung“ von 1938 ist die älteste auf Lörracher Gemarkung. Die Röttler Burg ist ein bedeutsames Wahrzeichen von Lörrach, das weithin sichtbar auf einem Bergsporn 422 Meter über Normalnull liegt. Aufgrund der exponierten Lage der Ruine am Waldrand und der landschaftlich sehr reizvollen Umgebung, bestehend aus Grünlandflächen, Streuobstwiesen und Gehölzgruppen, ist dieser Bereich von besonderer Bedeutung für das Landschaftsbild und die Erholung im Raum Lörrach.

Südwestlicher Dinkelberg

Am südöstlichen Rand der Lörracher Gemarkung in der Umgebung des Stadtteils Salzert sind knapp 200 ha Wiesen- und Waldflächen Teil des Landschaftsschutzgebietes Südwestlicher Dinkelberg. Dieses Gebiet hat eine besondere Bedeutung aus ornithologischer Sicht (beispielsweise Spechte, Greifvögel und Vogelarten der Streuobstwiesen), bezüglich der dort vorkommenden Pflanzengesellschaften wie Waldmeister-Buchenwälder und Grünes Besenmoos und als attraktiver naturnaher Erholungsraum.
Einzelschöpfungen der Natur können aus wissenschaftlichen, naturgeschichtlichen oder landeskundlichen Gründen oder wegen ihrer Seltenheit, Eigenart oder Schönheit als Naturdenkmäler unter Schutz gestellt werden.
Auf Lörracher Gemarkung sind sieben Einzelbäume bzw. Baumgruppen als Naturdenkmale ausgewiesen. Die meisten Naturdenkmale befinden sich innerhalb von Waldflächen.
Dazu gehören beispielsweise die 45 Linden auf dem Tüllinger Lindenplatz, die Kreuzeiche an der Adelhauser Straße und die Zweistämmerlärche im Röttler Wald.
Als Biotope werden abgrenzbare Lebensräume bezeichnet, die auf natürlichem Wege oder durch den Einfluss des Menschen entstanden sind.
Über das Landes- und Bundesnaturschutzgesetz sind verschiedene Biotoptypen von besonderer Bedeutung unter Schutz gestellt, wie zum Beispiel natürliche oder naturnahe Bereiche von Gewässern, Moore, Sümpfe, Quellbereiche, seggen- und binsenreiche Nasswiesen, Trocken- und Magerrasen, Auenwälder, Feldhecken und Feldgehölze, Höhlen, Dolinen, Hohlwege, Trockenmauern und Steinriegel.

Diese besonders geschützten Biotope dürfen nicht zerstört oder erheblich beeinträchtigt werden. Zulässig sind aber zum Beispiel Pflege- und Unterhaltungsmaßnahmen, die zur Erhaltung oder Wiederherstellung der Biotope notwendig sind.
Auf Lörracher Gemarkung gibt es über 180 Biotope mit einer Gesamtfläche von zirka 100 Hektar. Als Biotope kartiert sind vor allem Gewässerabschnitte, Wälder und Feldhecken (Gebüsche, Gehölze) sowie trockene Magerrasenflächen.
Seit 2014 gehört die gesamte Fläche von Lörrach zum Naturpark Südschwarzwald. Zweck des Naturparkes ist es, dieses Gebiet als vorbildliche Erholungslandschaft zu entwickeln, zu pflegen und zu fördern.
Gesetzesgrundlage für die Ausweisung von Waldschutzgebieten ist im Gegensatz zu den vorgenannten Schutzgebieten nicht das Naturschutzgesetz, sondern das Landeswaldgesetz.

Bannwald

In Bannwäldern findet keine forstliche Bewirtschaftung statt, sondern diese Wälder werden sich selbst überlassen. In Bannwäldern sollen sich Waldgesellschaften mit ihren Tier- und Pflanzenarten ungestört natürlich zum „Urwald“ entwickeln können.
 
Am nördlichen Gemarkungsrand von Lörrach gehört eine Teilfläche zum Bannwald „Röttler Wald“.

Schonwald

Bei Schonwäldern stehen Schutz und Erhaltung von landschaftstypischen Waldbeständen, von seltenen Waldgesellschaften und von Biotopkomplexen, die seltenen Arten Lebensraum bieten, im Vordergrund. Schonwälder werden im Gegensatz zu Bannwäldern bewirtschaftet und gepflegt.
Auf Lörracher Gemarkung ist das Waldgebiet im Moos, östlich des Stadtteils Salzert, als Schonwald ausgewiesen.